Fedeltà, coraggio e integrità sono il motto dell’FBI (Federal Bureau of Investigation), l’ente investigativo di Polizia Federale e il principale braccio investigativo del Dipartimen- to della Giustizia degli Stati Uniti d'America.  Fedeltà, Coraggio ed integrità sono requisiti che il Vicedirettore Walter Skinner incarna alla perfezione, ed applica non solo nel suo lavoro, ma anche e soprattutto nel suo rapporto con Mulder e Scully. La sua sembra la vita di un predestinato al mondo del soprannaturale. Arruolato a diciotto anni nei Marines, viene spedito in Vietnam. Gli orrori della Guerra compromettono la sua Fede in Dio e nella Patria, e a nulla servono i farmaci che assume per superare lo smarrimento.  Una notte, durante un pattugliamento, la sua unità viene attaccata di sorpresa. Nessuno viene risparmiato. Si risveglia due settimane dopo in ospedale. Di quella tragedia, confida anni dopo a Mulder, che vivido è il ricordo di un’esperienza extra corporea, sulla quale ha sempre avuto timore di indagare. Nel 1979, Skinner sposa Sharon con cui resta legato per 17 anni, fino, cioè, alla separazione. Skinner entra a far parte dell’FBI nel 1986, periodo in cui all’Accademia, già circolano commenti positivi sulle qualità di un giovane agente, eccentrico, sfrontato, ma brillante, di nome Fox Mulder. Skinner impiega poco tempo a guadagnare la stima del Bureau, al punto che  viene nominato Vicedirettore dell’FBI ed assegnato a Washington. Tra le sue competenze c'è quella dii supervisionare il lavoro che a partire dai primi anni 90, Mulder e Scully svolgono nella sezione X-Files. Rigido, intransigente, sembra in quegli anni agire sotto le direttive di qualcuno. Lo si vede spesso nel suo ufficio assieme ad un uomo seduto su una poltrona, con la sigaretta sempre accesa. Nel 1993, durante il file Tooms, cerca di tenere a freno gli istinti di Mulder, troppo poco propenso a seguire il regolamento.

Nel 1994 rimprovera a Scully di aver condotto, con il suo collega, indagini con metodi non ortodossi. Anche se Skinner prende in considerazione le parole di Scully, quando quest'ultima fa notare come le loro indagini abbiano garantito un elevato tasso di successo nella soluzione dei casi, sollecita l’Agente a relazionarlo con più frequenza, consigliandole di condurre il lavoro in modo più convenzionale. Dopo la prima chiusura degli X-Files, Skinner continua a supervisionare il lavoro di Mulder e Scully, che intanto sono stati assegnati ad altri incarichi: Fox a noiosi casi di routine, Dana a Quantico. Skinner da apparente pedina manovrata sembra invece dimostrare carattere quando affronta l'Uomo che fuma con determinazione allorché lo invita ad uscire dal suo ufficio dopo aver scoperto che Mulder era illegalmente sorvegliato. Gli eventi seguenti, dal rapimento di Scully, ai reati commessi dal doppiogiochista, finto Agente FBI, Alex Krycek, convincono Skinner a schierarsi apertamente con Mulder al punto da rivelargli l'ubicazione dell'Uomo che fuma, nella quale tra il cospiratore  e Fox si apre un confronto dialettico da cui lo spettrale esce sconfitto. Il Vicedirettore, tuttavia, compie in piena autonomia e sotto la sua responsabilità un atto che segna uno smacco nel suo rapporto con i suoi Superiori: la riapertura degli X-Files. L'ostilità tra Skinner e l'Uomo che fuma raggiunge il suo apice quando il primo ricatta il secondo: la vita di Mulder e Scully in cambio di un file contenente i segreti della Cospirazione. Nel 1996 Skinner riceve pressioni dall'alto affinché le indagini sull'omicidio della sorella di Scully, Melissa, vengano interrotte. La sua fedeltà agli agenti del paranormale mette a rischio la sua vita: il vicedirettore è vittima di un tentativo di omicidio da cui riesce a sopravvivere. Nello stesso anno”horribilis” Skinner è alle prese con il divorzio dalla moglie e con un'esperienza soprannaturale che riesce ad affrontare con l'aiuto di Mulder.

Un anno dopo, il cancro di Scully spinge Skinner a stipulare un patto col Diavolo, un patto con l'uomo contro cui si è battuto: lavorare per lui in cambio della vita della sua Agente. I suoi dietrofront nei confronti di Fox e Dana compromettono la fiducia di questi ultimi che cominciano a ritenere il loro Vicedirettore complice della Cospirazione aliena. Il dubbio sulla sua lealtà permane sino al 1998 quando Mulder scopre in realtà il coinvolgimento nelle trame del Governo Ombra del Condirettore Blevins. La posizione ricoperta da Skinner attrae altre forze decise a ricattarlo in cambio di favori, ma la sua integrità resiste sino a quando la sua vita è messa a dura prova. Krycek introduce nel corpo del suo ex Vicedirettore organismi artificiali prodotti dalla nanotecnologia allo scopo di avere informazioni riservate per poi venderle e trarne vantaggi. Dal 1999 al 2001 Skinner è alla mercé di Krycek, ma la sua lealtà e la sua collaborazione non sono mai messe in discussione da Mulder e Scully neanche quando devono rispondere a un altro diretto superiore: Kersh. Il rapimento di Mulder e le conseguenti indagini rafforzano le convinzioni di Skinner circa l'esistenza di una Cospirazione che ha rami nei vertici dell'FBI, ma al tempo stesso mettono in serio rischio la sua carriera. Nel 2002 Skinner è chiamato ad indossare i difficili panni di un avvocato quando si tratta di dover difendere Mulder dall'accusa di omicidio in un processo militare che ignora le più semplici garanzie procedurali. Si tratta di un pretesto per condannare a morte Mulder a cui, questi, riesce a sottrarsi  grazie al  piano di fuga orchestrato dallo stesso Skinner, Doggett, con la complicità finale di un redento Kersh.

Nel 2008, infine, è determinante, assieme a Scully, nel salvare di nuovo la vita a Mulder alla caccia di uno spietato serial killer.