In X-Files il tema del'ibridazione è affrontato in maniera massiccia durante le nove stagioni,e le informazioni sapientemente centellinate episodio dopo episodio, consentono di sviluppare un quadro piuttosto preciso di quello che è considerato il capitolo più affascinante della mitologia  creata da Carter.

L'Ibrido è il risultato di un processo attraverso il quale si incrocia il materiale genetico umano con quello alieno.

Col termine "The Purity” (la Purezza) si indica un'antica razza extraterrestre dalle sembianze definitive di un alieno umanoide grigio, la cui forza vitale è rappresentata da una sostanza oleosa di colore nero, un liquido senziente in grado di utilizzare un essere come ospite per prenderne il controllo di esso. In realtà la capacità principale di questa sostanza è quella di agire  come un virus al fine di infettare un organismo ospite e portare alla luce, dopo un rapido processo di gestazione, una nuova forma di vita: l'alieno grigio. Il ceppo del DNA dell'Olio nero è  semplificato rispetto a quello del "The Purity”  in modo tale che l'Olio nero possa essere versatile e diffondersi in maniera più efficace. Infatti il suo DNA è stato alleggerito di tutte le informazioni genetiche più  complesse necessarie poi alla creazione dell'alieno grigio e che si trovano già nella creatura ospite, cioè l'uomo.  L'ospite contiene il DNA della "Purezza” perché è proprio quest'ultima ad aver generato gli esseri umani. Si tratta, in particolar modo, di informazioni genetiche che la scienza moderna definisce spazzatura e che apparente- mente non hanno alcuna funzione, ma che in realtà sono fondamentali per completare la mappa genetica utile  alla genesi della creatura aliena. Lo stadio evolutivo che precede la formazione dell'alieno grigio genera una creatura molto più grande, ma più vulnerabile che al fine di completare la sua evoluzione si dimostra estremamen-te aggressiva e violenta. Una volta alimentatasi, questa provvisoria forma di vita cambia pelle e tessuti per assumere le sembianze dei grigi.

Esiste un'altra forma di vita extraterrestre conosciuta come cacciatore di taglie, dall'aspetto praticamente simile all'uomo, capace di assumere la fisionomia di chiunque. Si tratta di una razza mutaforme situata in un pianeta presso la costellazione di Cassiopea che è stata schiavizzata dalla "Purezza” e infettata con l'Olio nero. Alcuni esemplari sono stati poi clonati ed introdotti sulla Terra tra gli umani per attuare indisturbati i piani della colonizzazione.  I pochi che sono riusciti a sfuggire al controllo hanno costituito un gruppo denominato "I Ribelli” che hanno il solo scopo di danneggiare i colonizzatori ed attuare il loro piano di vendetta. Queste premesse generali ci introducono alla complessa sperimentazione della ibridazione fra alieno ed essere umano che in X-Files viene trattata sin dalla prima stagione.

Nel 19 ° secolo, dopo che Charles Darwin formulò la sua teoria dell'evoluzione naturale, fu Gregor Mendel ad aver studiato  e prodotto i primi ibridi di natura  vegetale. Ma  è nel 1944 che grazie all'esperimento  Avery di Macleod-Mc Carthy, ufficialmente, l'acido desossiribonucleico (DNA) è stato identificato come la molecola responsabile per la memorizzazione del codice genetico di qualsiasi essere vivente, come dice Scully in "Paper Clip” (3x02).

Comincia a diffondersi la fantascientifica idea di utilizzare il metodo applicato sperimentalmente su parassiti, per migliorare alcune caratteristiche degli esseri umani. Noto il tentativo compiuto dalla Germania Nazista di Hitler, attraverso il mostruoso scienziato Mengele, di creare la perfetta razza Ariana, utilizzando come topi da laboratorio coppie di bambini gemellari. Ma sono anche risapute le velleità della Russia Sovietica di migliorare, attraverso la ricerca dell'eugenetica, le prestazioni fisiche di atleti o militari. In X-Files la sperimentazione parte col Progetto Paper Clip. Dopo la seconda guerra mondiale, sotto la presidenza Truman, gli Stati Uniti hanno segretamente accolto scienziati nazisti, tedeschi e giapponesi, salvandoli dal giudizio del Processo di Norimberga al fine di avere in cambio le loro conoscenze  scientifiche e sfruttare il loro genio. Nel progetto Paper Clip vengono arruolati ingegneri spaziali, medici e genetisti, come  Victor Klemper, Takeo Ishimaru (che più tardi cambia il suo nome in Shiro Zama), Strohman e Alvin Kurtzweil. Grazie a loro, gli Stati Uniti sviluppano l'idea di creare un soldato migliore, più forte, meno bisognoso di riposo o di sonno, più resistente alla radioattività o agli agenti biologici: in pratica un super-soldato. L'intero progetto muta radicalmente le sue finalità a causa dell'incidente di Roswell. Nel luglio del 1947 un UFO si schianta vicino a Roswell nel New Mexico. Dopo il recupero dei corpi dei passeggeri e la lettura della banca dati memorizzata nella nave aliena, il governo americano viene a conoscenza dei piani della razza "The Purity” di colonizzare la Terra.

Nel corso di una riunione segreta delle Nazioni Unite tra gli USA, l'Unione Sovietica, Cina, Regno Unito, Germania e Francia si decide che ogni alieno sopravvissuto ad un Ufo Crash debba essere  giustiziato (Risoluzione del Consiglio di Sicurezza 1013). Ciò determina l'inizio del conflitto tra i governi della Terra ed i coloni alieni.

Gli Stati Uniti tuttavia adottano un cambiamento nella loro politica di difesa: creare  un super-soldato non per difendere il Paese dalle nazioni nemiche, ma per garantire la sopravvivenza della razza umana dall'attacco alieno operato attraverso contaminazione virale. Un gruppo segreto detto Sindacato o Governo Ombra si adopera per apprendere tutte le conoscenze possibili relative alla biologia extraterrestre allo scopo di creare un ibrido umano-alieno che risulti immune al virus.  In West Virginia si istituisce un centro di raccolta dei dati genetici della popolazione americana al fine di valutare l' idoneità agli esperimenti di ibridazione. Le prime sperimentazioni vengono compiute su soggetti umani selezionati tra gli strati più indesiderati della società americana (i poveri, i senzatetto, i  nativi americani) ai quali, tramite iniezioni, viene somministrato materiale biologico alieno estratto dai corpi recuperati nell'incidente di Roswell. Le persone vittime degli esperimenti prendono il nome di "Mercanzia”. I primi test falliscono miseramente. Le cavie rese deformi e irriconoscibili vengono secondo prassi, bruciate vive in vagoni merci o gasati con cianuro e poi sepolti sottoterra. La ricerca viene attuata dagli anni 40 sino agli anni 70 e, quando in piena Guerra Fredda, intorno agli anni 50, Russia e USA  competono nel campo della Genetica, un passo importante in questo settore viene compiuto proprio dagli americani col Progetto Lichfield, grazie al quale vengono realizzati i primi cloni umani.

I maschi creati vengono chiamati "Adamo” e le ragazze  "Eva" e possiedono cinque cromosomi in più rispetto al normali 46 dell'essere umano, geni supplementari che  accrescono forza e intelligenza. L'esperimento viene presto interrotto a causa del fatto che i cloni manifestano col tempo comportamenti violenti. Un clone, Eva 8, ha continuato a creare  cloni di se stessa attraverso la fecondazione in vitro, a partire dal 1980.

Il fallimento del tentativo operato dagli scienziati di creare un  ibrido umano/alieno spinge il gruppo di funzionari del governo a contattare direttamente gli alieni nel 1973. Si giunge ad un accordo che stabilisce il destino della razza umana. I membri del sindacato abbandonano l'idea di ribellarsi ai colonizzatori e accettano di collaborare con loro, in cambio della sopravvivenza personale e delle loro famiglie. L'obbiettivo è creare ibridi umano/alieno che accelerino il processo di colonizzazione.

Per aiutare il Sindacato in questo compito, gli alieni forniscono  loro  due cose: un feto alieno, da cui ricavare la mappa genetica e le indicazioni relative al metodo di ibridazione. Per suggellare l'accordo con gli alieni, quest'ultimi pretendono dal Gruppo i loro familiari per sottoporli ai test della sperimentazione destinata alla genesi di un altro tipo di ibridi: gli ibridi clonati.

Il metodo è il seguente:  Il materiale genetico (il DNA del  nucleo di una cellula) è tratto da Samantha Mulder e da culture prodotte dal  tessuto di origine aliena (il feto alieno). I due DNA si mescolano, creando un DNA ibrido. Il DNA ibrido (o nucleo) è inserito in un ovulo che viene  poi fecondato. L'embrione viene posto all'interno di una vasca in cui si sviluppa fino a raggiungere la piena maturità. Il nucleo di questo ibrido viene prelevato e inserito in un altro ovulo prelevato da donne rapite, da cui si ricava un embrione anch'esso sviluppato in vasche al fine di generare un clone dell'ibrido originale. La crescita di un ibrido è molto più veloce di un essere umano. La biochimica di questo ibrido è diversa da quella umana: nei loro corpi scorre un liquido verde altamente tossico per l'uomo. Alcuni giovani ibridi vengono utilizzati come forza lavoro nell'allevamento di api destinate poi ad essere impiegate nella diffusione del virus. Altri lavorano in istituti di ricerca sulla fecondazione per proseguire la sperimentazione. Si tratta di una razza a parte, né aliena né umana. Un gruppo di ibridi tenta di ribellarsi e rivendica il diritto di vivere autonomamente e liberamente, ma viene ben presto sterminato dal Cacciatore di taglie. Stesso destino spetta agli ibridi che cercano di salvare le loro madri biologiche colpite da cancro (compresa Scully). Per ucciderli è necessario colpirli alla base del collo con un arma aliena, uno stiletto di metallo.

Nel 1996 vengono creati con successo ibridi (Jeremiah Smith) dotati di poteri taumaturgici che tentano di ribellarsi, ma anche essi vengono eliminati. Ibridi, umani e cacciatori di taglie condividono un identico patrimonio genetico, il che spiegherebbe perché sia i cloni che i Bounty Hunter hanno nei loro corpi la tossina verde. La maggior parte dei soggetti sottoposti al test per la sperimentazione verrebbe  dalla banca dati medica istituita presso la ex struttura mineraria in West Virginia. Cartelle cliniche e campioni di tessuto vengono archiviati e i dati raccolti attraverso la Social Security Administration utilizzando  vaccinazioni obbligatorie, esami del sangue.  Gli esperimenti consistono in iniezioni di materiale biologico alieno, alcuni accompagnati  da trattamenti radioterapici aggressivi per facilitare  l'inserimento di DNA estraneo nel DNA del soggetto. I test sono stati effettuati nei vagoni dei treni o in strutture governative come DARPA e il Pentagono a Washington. I Rapiti vengono restituiti o incolumi, o colmi di lividi e cicatrici o addirittura in coma, dopo essere stati sottoposti a cancellazione parziale della memoria che in alcuni soggetti riemerge a seguito di seduta ipnotica regressiva. Nei corpi delle vittime vengono rinvenuti impianti metallici o chip di computer che servono per raccogliere dati sulla loro condizione di salute, per monitorarli o influenzare la loro volontà. L'esposizione alle radiazioni causa in alcuni soggetti l'insorgere del cancro bloccato da un particolare impianto collocato alla base del collo, la cui rimozione determina il riattivarsi della malattia. I rapiti spesso si riuniscono in gruppi di associazioni in cui possono condividere le esperienze., come il Mufon nel quale, Scully, subito dopo il suo rapimento, s'imbatte con Mulder. Tra gli addotti,ci sono alcuni  studenti diplomati nel 1989 a Bellefleur, Oregon, che sembrano essere stati scelti come soggetti da monitorare, studiare e testare anche se i risultati non sono soddisfacenti. Si tratta del primo caso di cui si sono occupati insieme, Mulder e Scully alla sezione X-Files, nel 1993. Sempre Bellefleur sarà teatro di ulteriori rapimenti nel 2000 e le vittime le stesse del 93. Questa volta i test provocheranno ai soggetti delle gravi anomalie a livello cerebrale, il segno dell'imminente successo dell'ibridazione. 

Nel 1994,il noto scienziato Dr. TA Berube, che ha anche lavorato al Progetto Genoma Umano, viene assunto dal Governo Ombra per condurre esperimenti su sei volontari malati terminali, utilizzando materiale genetico fornito dal tessuto prelevato dal feto alieno.  Attraverso trattamenti di terapia genica e bagni in diverse soluzioni appositamente preparate in grandi vasche, un metodo ispirato alla procedura di creazione di ibridi, i pazienti, modificati geneticamente,acquisiscono molte delle caratteristiche degli ibridi/cloni, come tollerare la tossina verde nel loro sangue e respirare sott'acqua. I serbatoi vengono ritrovati  all'1.616 di Pandora Street, nel Maryland.  Grazie al Dr. Berube, il Sindacato raggiunge il  risultato più significativo. Tuttavia, l'obiettivo del Consorzio è in realtà quello di ritardare la ricerca e guadagnare tempo per trovare un antidoto al virus alieno e opporsi alla colonizzazione. Per questo il Dr. Berube  e i suoi pazienti vengono assassinati. Il Dr. Takeo Ishimaru, o Dr,r Shiro Zama così conosciuto  una volta trasferitosi in America nel 1965, ha goduto della immunità per i suoi crimini compiuti durante la Seconda Guerra Mondiale, in cambio della sua esperienza nel campo della genetica. Ishimaru ha proseguito gli esperimenti condotti nella unità 731 in Giappone, allo scopo di  creare un soldato capace di essere  immune agli attacchi biologici. Nel 1973, il sindacato gli chiede di lavorare alla ibridazione. Ishimaru ha diretto la Hansen's Disease Research Facility in Perkey, West Virginia, ricovero per pazienti affetti dalla lebbra (morbo di Hansen). L'aspetto deformato dei pazienti  ha permesso di effettuare test senza destare sospetti. Gli sforzi di Ishimaru culminano nel 1995, quando uno dei suoi ibridi mostra resistenza agli agenti biologici dell'Olio nero, ma lo scienziato, scoperto il suo tentativo di divulgare queste informazioni al suo paese d'origine, viene giustiziato dal Sindacato. Inoltre l'ibrido viene eliminato a seguito di un'esplosione dolosa e il resto dei pazienti uccisi e sepolti in una fossa comune. 

Si registra un altro tentativo di sperimentazione su bambini nati dalla fecondazione di uova di donne rapite. I soggetti vengono generati da anziane madri surrogate e poi affidati a coppie normali e presi in cura da medici del Sindacato. Tra i piccoli ibridi c'è Emily Sim, creata da ovuli dell'agente Dana Scully, prelevati durante il suo rapimento del 1994. Tuttavia i bambini, ben presto, palesano i sintomi della malattia dell'anemia autoimmune. I due sistemi immunitari, umano e alieno, in lotta tra di loro, provocano effetti collaterali letali e anche per la povera Emily non c'è via di scampo.

All'inizio del 1999, dopo un quarto di secolo di ricerca, si assiste al primo vero successo nel campo della ibridazione ad opera del Dr. Openshaw. La cavia non è altri che un  familiare di uno dei primi membri del Sindacato: Cassandra Spender, ex moglie dell'Uomo che fuma, C.G.B. Spender. L'ibrido presenta tutte le caratteristiche volute:  tollera la tossina verde nel sangue, è capace di guarire, di percepire i pensieri degli altri. Il successo è inaspettato e pone il Sindacato nella posizione di dover far sparire le prove per non anticipare la colonizzazione, abbandonando così ogni speranza di creare un vaccino  contro tutti i virus dell'Olio nero. I Ribelli alieni costringono il Sindacato ad una scelta definitiva: o allearsi con la Resistenza oppure sottomettersi ai Grigi. Il Governo Ombra sceglie la seconda opzione firmando in questo modo la loro condanna a morte. Cassandra e i membri del Sindacato vengono eliminati e con essi tutti gli sforzi profusi nella ricerca sull'ibridazione umano/aliena. 

Cinquanta anni di sofferenza umana causata da esperimenti  non autorizzati da organizzazioni ufficiali giungono al termine come pure le speranze di sopravvivere alla colonizzazione aliena prevista nel 2012.