Tra Dana Scully e la sua famiglia esiste un rapporto conflittuale mai veramente risolto. Un conflitto che fotografa abilmente uno spaccato del nucleo familiare, dominato da una figura imponente (di solito il padre) da cui è difficile prendere le distanze e se questo accade, come nel caso della rossa agente, possono scatenarsi sensi di colpa, delusioni, attriti. Bill Scully, pluridecorato capitano della marina, ormai in pensione, compare per la prima volta nell'episodio 1x11, solo per una breve apparizione, dato che muore a causa di un infarto. Poco tempo  per delineare i caratteri del personaggio, ma abbastanza per comprendere come per certi versi, papà Scully assomigli a Dana: entrambi forti, frenati emotivamente da uno dei limiti più grandi dell'uomo, l'orgoglio. Indubbiamente, tra loro, emerge un affetto sconfinato, ma inespresso a causa del  fatto che la figlia ha lasciato la professione di medico, per intraprendere quella di agente FBI, e questo ha determinato un certo risentimento nel genitore. L'episodio Beyond the Sea ci rivela altre informazioni sui membri della famiglia di Dana: l'amorevole madre, Margaret, il fratello Bill Jr. (anch'egli in marina), la sorella Melissa e l'altro fratello, mai comparso nella serie, Charles.  

Margaret, dedita totalmente al benessere e alla felicità dei suoi figli, è in grado di sostenere moralmente anche Fox, nella seconda stagione, quando sembra perdere la speranza di ritrovare la sua collega rapita misteriosamente. Mamma Scully è metaforicamente il luogo in cui Dana ama rifugiarsi. E' in lei che cerca conforto, sostegno, consiglio quando teme per la vita di Mulder o quando non sa più di chi fidarsi, ma soprattutto quando cerca di lottare contro la morte, negli struggenti episodi della quinta serie "Redux".  Ed è proprio in questi episodi che facciamo la conoscenza del fratello Bill Jr (probabilmente la fotocopia di suo padre),  che si scontra apertamente con Mulder e la sua irrefrenabile passione per la ricerca della verità, che mette in serio rischio la vita degli altri. Una crociata, quella di Mulder, alimentata da motivi personali, di cui fa le spese, Melissa Scully.

Melissa appare nella serie, nell'episodio One Breath, durante il coma della sorella minore. Amante del mondo New Age, afferma di avere virtù empatiche, e dimostra un approccio alle cose molto più vicino a quello di Mulder. E' lei che sprona lo spettrale a recarsi al capezzale della collega per dirle ciò che prova. Ed è sempre Melissa a convincere la scettica Dana a ricorrere alla regressione ipnotica allo scopo di ricordare gli eventi del suo rapimento. In Anasazi, una scena tagliata in post produzione, ma recuperabile col cofanetto della terza stagione, mostra un interessante e acceso confronto fra le due sorelle che mette in evidenza come le donne appartengano a due mondi diversi: fede e scetticismo. Per un scambio di persona, Melissa viene assassinata da Krycek e Cardinal, convinti di colpire a morte Dana. Quest'ultima si scaglia contro l'FBI e il suo diretto superiore Walter Skinner, rei di non impegnarsi a fondo nella ricerca dei colpevoli. La famiglia di Mulder ha subito una vera "mattanza", ma anche quella di Scully segna qualche perdita dolorosa, a cui bisogna aggiungere la scomparsa della piccola Emily, un ibrido umano-alieno, generato in laboratorio, dagli ovuli espiantati a Dana durante il suo Abduction. Il senso materno di Scully avvolge totalmente la bambina che non riesce a cambiare il suo destino che la conduce inesorabilmente alla morte. Si è trattato di un "miracolo" che non sarebbe mai dovuto accadere.  E' con William, che Dana realizza il suo sogno di madre (grazie all'inseminazione artificiale, o molto più probabilmente grazie a Mulder), un sogno che dura un brevissimo lasso di tempo. La natura speciale del piccolo e i pericoli a cui è esposto, costringono Dana, con Mulder lontano, a dare in adozione il figlio. Tutto l'amore di Dana per il suo bambino affiora da queste parole (episodio Trust no 1):

"Un giorno mi chiederai di dirti la verità, sul miracolo della tua nascita, di spiegarti ciò che non ha spiegazione. E se quel giorno io esiterò e abbasserò lo sguardo, sappi che la risposta esiste, figlio mio.  Esiste una verità sacra e imperitura, ma che non potresti mai sperare di scoprire da solo. Il mio augurio più sincero è che tu riesca a trovare qualcuno, il tuo opposto perfetto che ti protegga. Un partner simbiotico con cui avventurarti nel viaggio più importante della tua vita a caccia di quella verità sfuggevole e imponderabile. Se  questo difficile viaggio inizierà, affrontalo con coraggio, a testa alta, perché la verità è là fuori. E se ti troverai di fronte a un miracolo capirai che la verità non emerge da trame segretamente ordite, ma dal grido lanciato dal tuo cuore. In quel preciso istante proverai un misto di estasi e di sconforto, perché scoprirai che quelle verità tanto agognate posso legarci per sempre o dividerci dolorosamente.”